臺灣梅花鹿（學名：Cervus nippon taiouanus）於西元1969年的調查中已證實於野外絕跡，1980年本所率先自臺北市立圓山動物園（現今臺北市立動物園）引進梅花鹿進行保育。經本所與臺灣大學動物科學技術學系、臺灣師範大學生命科學系、中央研究院歷史語言研究所、墾丁國家公園管理處共同合作研究證實：本所保育之臺灣梅花鹿族群與墾丁國家公園社頂地區之臺灣梅花鹿復育族群具相同之種原代表性、重要性與保育價值。未來，本所將會與上述研究單位繼續合作，以臺灣梅花鹿復育為重要之研究課題。