本所成立於民國49年7月1日，銜名為「金門縣牧馬場」，68年5月1日為發展肉牛產業改制為「金門縣畜牧場」，復於74年9月1日為統合地區畜產機構，合併金門縣農業試驗所畜牧課及后壟種豬繁殖場，改制為「金門縣畜產試驗所」，89年3月為成立專責動物疾病防疫單位，將動物疾病防治業務及肉牛場場址移撥給新設「金門縣動植物防疫所」，100年3月1日啟用種牛牧場，同年10月22日布拉安格斯種牛入場。